根据质粒的理化特性来判断。质粒的自然结构是超螺旋双链环状DNA，但在不同的条件下会有不同的构型。
分别是闭环双链、开环双链和线性双链。不同类型的质粒在同一电泳下游泳速度不同。闭环双链跑得最快，开环双链跑得最慢，而线性双链在两者之间。因此，如果是没有酶切割的质粒，理想状态是只有一条带，没有其他杂带，但总会有一些外部条件影响质粒的变化，所以如果没有酶切割的质粒，可能会有一些杂带。
例如，除了明亮的主带（闭环双链）外，还有一两条亮度不明显的带，这可能是由于开环双链和线性双链颗粒的存在。这种情况通常意味着质粒会被降解。一般来说，酶切粒后会形成线性双链。跑电泳时，如果一管质粒没有完全酶切割，就会有两三条条带，而酶切割的质粒在两条条带中跑得最慢（前面跑的是未切割的闭环双链质粒）；或者在三条带中间跑。